伝説のポケモン・珍しいポケモン・貴重なポケモン
カントー地方で出会える伝説のポケモン
ラティオス・ラティアス（レベル35）
ハートゴールドではラティアス、ソウルシルバーではラティオスにしか出会えません。
カントー発電所での盗難事件を解決後、ヤマブキの「ものまねむすめ」から落し物を探してほしいと頼まれますが、 クチバのポケモンだいすきクラブで落し物を入手した後に建物を出ると、 ルビサファに登場した「ダイゴ」が出てきて話しかけてきます。
その時「ホウエンにしかいないラティアスまたはラティオスがカントーを飛び回っている」 という話が聞け、その後ラティアスまたはラティオスが、ジョウト地方で出会える伝説のポケモンであるライコウ・エンテイのように、カントー地方の草むらを逃げ回ります。エンテイやライコウと同様にポケギアでもマーキングされて、どこにいるのか確認できます。
ラティオスの覚えているワザ：りゅうのいぶき・まもる・リフレッシュ・ラスターパージ
ラティアスの覚えているワザ：りゅうのいぶき・みずあそび・リフレッシュ・ミストボール
ラティオス・ラティアスの一方のいずれかしか出てこなかったが、2009年10月30日にポケモン公式サイトで「Wi-Fiのふしぎなおくりものでソフトで出てこないもう1匹をゲットできるようになる」と発表された。2009年11月27日から期間限定で配布されるアイテムで出現。配布場所はマクドナルド（対象店舗）など。詳細はポケモン公式サイト「もう1匹のラティ兄弟に会える」（外部リンク）。
ファイヤー・サンダー・フリーザー（レベル50）
ファイヤーは、バッチ16個集める→シロガネ山の内部に出現。レッド戦に挑戦する前でも出現するようです。
サンダーは、バッチ16個集める→ハナダシティ東（右）方面の「カントーはつでんしょ」（シナリオ中に、盗まれた発電所の部品を届けたところ）正面付近に出現。
フリーザーは、ふたご島の内部で出現。ダークボールがおすすめという情報も。
ミュウツー（レベル70）
バッチを16個集めたあと、「ハナダのどうくつ」（ハナダシティ上方面→24番どうろ経由→橋を渡った左側を下方面に「なみのり」）に出現。
ミュウツーの覚えているワザ：パワースワップ・ガードスワップ・どわすれ・サイコカッター
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